Situando-se aproximadamente 10 anos antes dos acontecimentos do primeiro BioShock, os sinais do passado voltam a ecoar pelas divisões de Rapture. Um monstro tem vindo a raptar crianças junto á costa atlântica para as levar para Rapture. O jogador irá vestir a pele de Big Daddy enquanto se desloca pelas ruas desta cidade perdida, em busca de um inimigo invisível e por respostas para a sua própria existência.
